Štruktúra karosérie C6 zabezpečuje vynikajúcu ochranu posádky (5 hviezdičiek v testoch EuroNCAP):
- obsahuje dva absorpčné kanály na prenos sily v prednej časti pre lepšie rozloženie energie v prípade nárazu a zachovanie "bunky na prežitie";
- zaručuje vyššiu pevnosť v skrútení pre lepšiu ochranu v prípade čelného nárazu pri vysokej rýchlosti.

Vďaka aktívnej prednej kapote je C6 najlepším vozidlom z hľadiska ochrany chodcov (maximálny počet hviezdičiek v tejto oblasti v teste EuroNCAP) :
- v prípade nárazu spustí pyrotechnický mechanizmus, ktorý v priebehu 40 milisekúnd zvýši prednú kapotu o 65 mm;
- znižuje dôsledky nehody pre chodca tým, že zohráva úlohu tlmiča nárazu;
- zabraňuje tomu, aby sa chodec hlavou alebo ramenom dotkol motora.

Samonatáčacie bi-xenonové svetlomety posilňujú vašu bezpečnosť, pretože zabezpečujú vynikajúcu viditeľnosť v noci alebo v zlom počasí:
- znižujú únavu pri riadení v noci vďaka bielej farbe svetleného lúča;
- sledujú uhol natáčania kolies a vďaka tomu skôr zistíte, aký je profil vozovky;
- svietia dvakrát silnejšie ako halogénové svetlá;
- sú spojené s dvomi dennými svetlami, vďaka ktorým vás lepšie vidieť.

Na zabezpečenie optimálnej ochrany všetkých cestujúcich je vozidlo C6 vybavené deviatimi airbagmi:
- dva čelné airbagy s optimalizovaným tvarom a tlakom, ktoré sa upravujú podľa sily nárazu;
- jeden kolenný airbag pre vodiča (na ochranu jeho nôh);                                                                                                                                                                                                             - štyri bočné airbagy, ktoré chránia hrudník a brušnú dutinu cestujúcich;
- dva hlavové airbagy na ochranu hlavy cestujúcich vpredu i vzadu.

C6 je vpredu vybavená aktívnymi hlavovými opierkami. V prípade nárazu zozadu sa sklopia smerom k šiji cestujúcich čím sa zníži riziko poškodenia krčnej chrbtice.

Vozidlo C6 je vybavené moderným komplexným brzdovým systémom:
- štyri chladené kotúčové brzdy veľkého priemeru;
- ABS (Anti Blocking System), ktorý elektronicky reguluje brzdový tlak a tým zabraňuje blokovaniu kolies;
- elektronický rozdeľovač brzdného účinku (REF), ktorý reguluje brzdný tlak každého kolesa;
- brzdový asistent na podporu brzdenia v kritických situáciách (AFU), ktorý okamžite zvýši brzdový tlak v prípade prudkého zošliapnutia brzdového pedálu.

Systém ESP (Electronic Stability System) zaisťuje optimálnu kontrolu nad vozidlom v najzložitejších jazdných situáciách:
- pôsobením na rozdeľovanie brzdného účinku a na otáčky motora stabilizuje jazdnú dráhu vozidla v prípade straty priľnavosti v zákrutách;
- je napojený na protipreklzový systém (ASR), ktorý v prípade prekĺzavania kolies okamžite znižuje prebytočnú silu na hancích kolesách.

Systém upozorňujúci na neúmyselné opustenie jazdného pruhu (AFIL) chráni pred rizikom mikrospánku vodiča.
Po zapnutí je vďaka snímačom umiestneným pod vozidlom schopný rozoznať, či vozidlo neúmyselne prešlo vodorovné značenie na ceste. Systém automaticky upozorní vodiča na prejdenie deliacej čiary vibrovaním v jeho sedadle.

Služba Citroën Urgence - tiesňové volanie je zdarma poskytovaná 24 hodín denne, 7 dní v týždni a uľahčuje zásah záchrannej služby rýchlou lokalizáciou vášho vozidla. V prípade autonehody alebo nevoľnosti sa služba aktivuje automaticky alebo manuálne pomocou systému NaviDrive. Takisto vám poskytuje spojenie s centrálnou asistenčnou službou.